糞便移植（fecal microbiota transplantation FMT），是一種通過重建腸道菌群來治療疾病的方法。即把經過處理的健康人的糞便液，通過一定方式移植到病患腸道內，調節腸道菌群失衡。糞便移植的主要作用機理可能是利用糞便中有益菌種的生態占位，定植抗力，生物奪氧，免疫調節，降低腸腔 pH 值和細菌代謝產物的營養等。移植的糞便中最重要的是常年棲息于腸道內的數以億計的微生物，它們和腸道上皮細胞等生物成分與食源性非生物成分(未被消化的食物) 及來自胃、腸、胰和肝的分泌物(如激素、酶、黏液和膽鹽等)共同構成腸道微生態系統。糞便移植是一種最直接有效的調控腸道菌群的方法，有助于重建正常的腸道微生態結構。