人體內胃腸道中共生著結構復雜、數量龐大的微生物群，這些微生物稱為腸道菌群，在人體胃腸道內構成一個巨大復雜的微生態系統。人體腸道菌群中包含約30屬500~1000種，菌量約為1014，數量是體細胞的10倍，其中厭氧菌占98%以上。腸道菌群由細菌、放線菌、真菌、衣原體、立克次體等組成。正常情況下，腸道菌群能保持動態平衡，起到保護和維持機體健康的作用。腸道菌群參與調控宿主的多種代謝途徑，包括宿主的免疫、營養、代謝，并且極大的機體的物質能量代謝及其發展過程。腸道菌群被稱為“微生物器官”或“第二基因組”，在人體新陳代謝等方面具有舉足輕重的作用。