體外消化系統可應用到營養學、毒理學、生理學及微生物學等各領域以及食品、藥品、保健品等各個行業。國內外對利用體外消化模型進行相關研究的認可度也越來越高。體外消化系統已被廣泛應用于食品消化過程中物理化學變化，營養物質的生物利用率，腸道運輸和代謝，脂質體等功能活性物質釋放與代謝，益生菌和益生元代謝分析，藥物緩釋釋放研究，重金屬污染物、真菌毒素等有毒物質的代謝研究，動物營養及代謝特性分析等多個領域。